El estatus de Instituciones Asociadas se concede a aquellas instituciones académicas o culturales sin ánimo de lucro que tienen los mismos objetivos generales que APUNE. Las Organizaciones que se han convertido en Instituciones Asociadas pueden participar en todas las actividades de APUNE, recibir información de todos los miembros, y hacer consultas al coordinador.
No tienen derecho a voto y no pueden formar parte de ningún comité, sin embargo, estarán más preparadas para recibir a estudiantes norteamericanos.
El estatus de una Institución Asociada es revisado cada año y la organización debe pagar una cuota mínima de miembro de pleno de derecho.
Universidad Antonio de Nebrija
Universidad Autónoma de Madrid
Universitat Autònoma de Barcelona
Universidad Carlos III de Madrid
Universidad de Castilla-La Mancha
Universidad Internacional de Cataluña
Universidad Católica de Murcia
Universidad Católica de Valencia
Universidad Complutense de Madrid
Universidad Francisco de Vitoria
