El estatus de Instituciones Asociadas se concede a aquellas instituciones académicas o culturales sin ánimo de lucro que tienen los mismos objetivos generales que APUNE. Las Organizaciones que se han convertido en Instituciones Asociadas pueden participar en todas las actividades de APUNE, recibir información de todos los miembros, y hacer consultas al coordinador. 

No tienen derecho a voto y no pueden formar parte de ningún comité, sin embargo, estarán más preparadas para recibir a estudiantes norteamericanos. El estatus de Institución Asociada es revisado cada año y la organización debe pagar una cuota mínima de miembro de pleno de derecho.